Foldit

Sur une suggestion de Mathilde (Paris) et Anne-So (Hong-Kong),

membres du comité éditorial de "La petite vie de Benoît" !

Parfois certains d'entre vous me suggèrent des thématiques d'articles en fonction de l'actualité ou de vos sorties. Ce matin, j'ai reçu la même suggestion de la part de Mathilde et d'Anne-So. Alors ça méritait bien que je me penche sur le Foldit !

La science fait des progrès tous les jours mais certaines difficultés persistent en particulier lorsqu'il s'agit de déterminer la structure des protéines. L'analyse informatique et la cristallographie marchent très bien pour la plupart des identifications structurales protéiques mais dans certains cas, la technologie existante ne permet pas de caractériser cette structure soit parce que ces protéines sont trop grosses et/ou parce que leur composition en amino-acides est incompatible avec la méthode. Quel est l'intérêt d'identifier la structure des protéines ? Déterminer la structure des protéines permet de mieux appréhender la fabrication de composés chimiques susceptibles de bloquer l'activité enzymatique de celles-ci. De nombreuses applications thérapeutiques en découlent (cancer, virologie, etc...).

Ainsi par exemple, cela fait des années que les scientifiques essaient de décrypter la structure d'une enzyme proche du SIDA. De manière originale, ils ont fait appel à des joueurs d'un jeu vidéo "Foldit" pour résoudre ce mystère ! Et ces "gamers" viennent de résoudre l'énigme en... 3 semaines ! lol Le Foldit (« plie-le ») est une jeu vidéo expérimental dont le but est de faire résoudre par les joueurs un problème auquel se heurtent toujours les ordinateurs. En l'occurrence, comment une molécule se « plie » pour former une structure en 3D.

Des milliers de joueurs du monde entier ont ainsi manipulé ces chaînes d'acides aminés en les pliant et les repliant dans toutes les combinaisons imaginables pour tenter d'aboutir à une structure viable. Les modèles de protéines transmis par les joueurs via internet étaient alors tellement proches de la réalité qu'il n'a fallu que quelques jours aux chercheurs pour les affiner et établir la structure exacte de l'enzyme. Résultat : une publication dans Nature Structural & Molecular Biology – ici - où les joueurs figurent comme co-auteurs de l'étude !

Ce qui est fascinant est que les hommes ont des capacités de raisonnement dans l'espace bien supérieures à celle des ordinateurs. Et voir réussir l'être humain là où les méthodes automatiques ont échoué me fait extrêmement plaisir ! Mais je ne renie pas les avantages de l'informatique qui m'a bien aidé à analyser mes 30000 gènes ce matin... ;-)